公司目前設9個內設機構和8個生產經營服務單位，分別是辦公室、監察審計室、人力資源部、計劃財務部、安全技術部、市場開發部、物資供應部、物業保衛部、信息管理中心、管網運營中心、客戶服務中心、天然氣建設辦公室、工程建設管理辦公室、生產調控與應急搶修中心、華飛燃氣工程安裝有限公司、洞頭燃氣有限公司、甌江口分公司。